Das mit dem Schleifen kann ja fast nur auf Höhe der Zylinderkopfdichtung sein.
Den unteren Kettentrieb würde ich jetzt erstmal als eher unproblematisch einstufen. Der wird ja im Vergleich zum oberen besser geführt und ist deutlich kürzer.
und die obere Kette kann ja nur irgendwo schleifen, wenn die nach außen schwingt. und den weitesten Weg macht die ca. bei der ZKD.
Dagen spricht aber, dass man das der Kette nicht ansieht. deine alte Kette hätte an den Bolzen Schleifspuren gehabt.
Außerdem schreibst du ja, dass man das am deutlichsten unten am Motor gehört hat.
Guck dir mal von der Schiene die Lauffläche an, ob man da ein seitliches Schwingen der Kette erkennen kann.
https://www.a3quattro.de/diashows/steuerkette/CIMG3627.JPG
Also fassen wir das ganze mal zusammen.
Es kommen grob gesehen 3 Typen von Fehlern in Frage.
1. Das LL Ö dünnt bei hohen Temperaturen stark aus und schmiert die Kette nicht mehr so wie es sein sollte.
Die kleine Tabelle zur Öschmierung bei Ketten, aus meinem ME Buch kann man sicher nicht so auf einen Verbrennungsmotor übertragen, aber eine Tendenz kann man da schon draus entnehmen. Also wäre auch danach ein 30er Ö nicht die beste Wahl.
dazu kommen Ablagerungen, wie Ökohle und Öschlamm, die in der Kette wie Schleifmittel wirken.
Mit dem Thema Ö habe ich mich jetzt 1 Jahr lang sehr intensiv beschäftigt. da würde ich sagen, dass die langen Intervalle und das LL Ö der Kette auf jeden Fall schaden.
2. Eine für den vorhandenen Kettentrieb zu schwach dimensionierte Kette, die den Belastungen einfach nicht gewachsen ist.
3. konstruktive Fehler des gesamten Kettentriebs. ob und welche genau müssen wir noch rausfinden 
Punkt 1 lässt sich einfach beheben. Punkt 2 eigentlich auch, da man bei Iwis auf Wunsch andere Ketten bekomen würde.
Punkt 3 lässt sich eigentlich nicht beheben. das würde sich für keinen von uns lohnen. Der Aufwand stünde in keinem Verhältnis zum Nutzen für uns.
Wenn im Werk was für zukünftige Motoren geändert wird, sieht das natürlich anders aus.