Die Kettenräder auf jeden Fall mit tauschen!
Je nachdem wie verschlissen die schon sind, kann es schnell Probleme mit den neuen Ketten geben. Wenn die nicht zu sehr eingelaufen sind könnte man sie drin lassen, aber das Risiko wäre mir zu hoch.
Wenn es ein Mechaniker macht, der sich auskennt und am besten schon den ein oder anderen 3,2er gemacht hat, kann der Motor drin bleiben. Das geht alles, nur sollte man wissen was man tut 
und das ist leider nicht in jeder Werkstatt der Fall.
Der VR6 steht nicht bei jeder KW-Umdrehung exakt auf OT. Wenn man die Kette wechselt sollten sowohl die Nockenwellen als auch die Zwischenwelle auf OT stehen. Die Zwischenwelle ist ebenfalls am Zahnrad und am Block markiert. Der Motor läuft zwar auch wenn die ZW nicht auf der Markierung stand, aber die Steuerzeiten sind dann minimal daneben (wird dann vom Versteller ausgeglichen)
Daher sollte man beim Wechsel unbedingt drauf achten, dass ALLE Markierungen auf OT stehen (Nockenwelle, Zwischenwelle und Kurbelwelle)
Wenn man das weiss dürfte nix schief gehen 
Sollten meine Ketten nochmal gewechselt werden müssen würd ichs selber machen und den Motor auch drin lassen. vom Platz her gehts locker, wenn man die Front abbaut...... bleibt die dran wirds eng, geht aber immernoch (allerdings nicht mehr so einfach :p )
EDIT:
Ganz wichtig: die Nockenwellenversteller müssen vor dem Auflegen der Kette komplett bis zum Anschlag gedreht werden (IM Uhrzeigersinn)
Das wurde bei mir nicht gemacht. Ergebnis -> Motor läuft wie´n Sack Nüsse
