Generell würde ich sagen ist es ein doch anderes Auto der R36 im Gegensatz zum 3,6er B7. Ich selbst fahre den 3,6er B7 als rline Modell, bin im R36 nur mal mitgefahren.
Der R36 ist aber das sportlichere Auto und auch eher das Modell zu dem "aufgeschaut" wird und das sich preislich etwas besser entwickeln wird.
Der 3,6er B7 ist da eher das Understatement Fahrzeug, dazu neuer was man an manchen Dingen vom Infotainment und KI merkt, sowie auch an der deutlich längeren Übersetzung des 6ten Ganges.
Fährt man also eher sportlich, mag vielleicht etwas mehr Sound, will eventuell auch ein Sportfahrwerk verbauen, nach außen gewisse Sportlichkeit darstellen und den Wagen lange behalten und eventuell noch gut verkaufen können, dann den R36 nehmen, dieser ist schon eher ein Sondermodell unter den B6 Passats.
Kommt es einem eher auf neuere Funktionen an die es im B6 noch nicht gab, etwas Understatement, weniger das nach außen sportliche Darstellen und das man auf der Bahn schön im höchsten Gang dahincruisen kann, dann nimm eher den B7 3,6er.
"Wehwehchen" sind bei beiden was Motor/Getriebe angeht gleich, hier und da haben sie vielleicht was die Karosserie angeht noch ihre bauzeitbedingten Vor- oder Nachteile aber alles das sollte einem nicht davon abhalten sich eher in einem der beiden oben genannten Kategorien ein zu ordnen.
Ich empfehle dir beide mal zu fahren, dann merkt man auch schon den von mir angesprochenen Unterschied. Der Mehrpreis für das ältere Modell zeigt auch die Beliebtheit, das muss man dann noch selbst wissen ob es das einem Wert ist.