So, da möchte ich nun noch ein mal was zu sagen, da ich den Wagen und die Audioanlage ja vor zwei Jahren (ja, wie die Zeit vergeht...) übernommen habe.
Habe das Pioneer-Radio (das einen sehr guten Klang hatte) gegen ein China-RNSE-Android-Clone getauscht, was die Dinge etwas anders macht, als Pioneer.
Grundlegend verfügt das Bose-System über einen 4.0-Kanal-Eingang (vorne zwei, hinten zwei) und trennt die Frequenzen mittels der integrierten Frequenzweiche auf die Lautsprecher auf. Alle hohen Töne gehen übrigens zur Center-Box in der Mittelkonsole -- also ist das eigentlich ein Surround-Upmix von 4.0 auf 5.1. Die Töne für den Subwoofer müssen allerdings zwangsweise über die 4 Kanäle kommen, da kein Subwoofer-Eingang vorgesehen ist.
Alle Pioneer-Radios verfügen seit mind. 20 Jahren über einen Subwoofer-Ausgang und man kann mit der Crossover-Frequenz (normale Frequenzweiche) steuern, welche Frequenzen zum Subwoofer gehen und welche Töne bei den anderen 2 (4) Boxen bleiben. Alles unterhalb dieser Frequenz (meist 50-80 Hz) wird von den normalen Speakern abgeschnitten, was sie entlastet. Diese Frequenz lässt sich auch einstellen, bzw. komplett abstellen. Deaktiviert man den Subwoofer, so erhalten alle Boxen 0-22kHz auf allen Kanälen.
Bei den China-Navis (in meinem Fall Pumpkin) kann man zwar den Subwoofer einstellen, aber die Frequenzweiche lässt sich nicht wirklich deaktivieren. So gehen alle Töne unter 50Hz an den Subwoofer-Ausgang (an dem nix angeschlossen ist). Alles oberhalb geht an die Boxen und auch an den Subwoofer (also etwa 50-80Hz). Habe mir geholfen, indem ich den Bass+Loudness etwas verstellt habe, dass alles zwischen 50-100 Hz verstärkt wird.
Da mir das allerdings alles etwas blöd ist, überlege ich tatsächlich, ob ich ein Chinch-Kabel vom Radio nach hinten lege und den Subwoofer via Line-In direkt anspreche. Leider müsste ich dann alle Lautsprecher neu verkabeln und sie nicht mehr - wie "standard" mit dem Bose-Verstärker verbinden, sondern direkt mit dem Radio.
Werde wohl mal in den Sound-Einstellungen des Android-Basissystems (.asoundrc) rumsuchen, ob man dort was einstellen kann, aber ich fürchte, es wäre einfacher, sich ein neues RNS-E zu kaufen, als die ganze Verkabelung zu erneuern, wobei letzteres eigentlich die schönere Lösung wäre, weil man dann nicht von Bose bevormundet wird, sondern selbst die Frequenzen steuern kann. 
Hab nur ich im Wagen Bose + CustomRadio?!