Hallo Maik, willkommen im Forum. Echt ne verrückte Story hinter dem Wagen. 
Deine Probleme kenne ich ein wenig (wenn auch nicht so stark) von meinem 3.2er. Bei mir ist es ebenfalls das Runterschalten beim DSG, wo ich eine etwas stärkere Bremswirkung empfinde -- beim Anrollen an die Ampel zum Beispiel, bzw. das langsame anrollen im 2. Gang und natürlich einen leicht erhöhten Verbrauch: Früher bin ich den Wagen auf der Stadtautobahn mit 6-8l (rollend) gefahren, nun bin ich froh, wenn er mal unter zehn Liter kommt).
Nunja, eine Lösung habe ich für mein Problem noch nicht, aber ich habe ein paar Dinge vor:
(vorne:)
- Tripode tauschen
- Antriebswellen tauschen (billige - z.B. SKF rein, die originalen raus, warten: Entfetten, Säubern, neu fetten und neue Manschetten um die Gelenke... Und natürlich die Aufnahmen checken)
- Radlager tauschen
Hier ein Video von einem recht Verrükten Typen (Mech2you), der das Problem mit dem Tripoden beschreibt, ohne den Namen dazu zu nennen:
Und hier hat das Tripod-Gelenk schonmal jemand am A4 getauscht:
Da Du vom Runterschalten sprichst, gehe ich davon aus, dass Du ebenfalls ein DSG-Getriebe fährst...?