Man kann anstatt einer "richtigen" Fußbodenheizung auch eine Fußbodentemperierung vorsehen. Ist deutlich günstiger und wird ebenfalls nur mit einem Ventil wie eine Heizung gesteuert. Ist vom Aufwand deutlich günstiger und bietet sich vor allem für Badezimmer etc. an, ohne, dass man extra einen eigenen Kreislauf für eine Steuerbare Fußbodenheizung benötigt. Vielleicht wäre so etwas ja auch eine Alternative, ggf. auch nur für die oberen Geschosse.
Wenn du alle Leitungen neu verlegst, dann denk daran, die Anschlüsse von eventuellen Heizkörpern aus der Wand kommen zu lassen. Das kostet nicht viel mehr, Aufwand ist auch sehr überschaubar, vereinfacht aber das späteren Boden verlegen und natürlich auch Saugen, Wischen,....
Bei einer Elektroinstallationsüberarbeitung ggf. auch über zusätzliche Außenanschlüsse für Markiesen, Gartenstrom, Gartenhaus.... nachdenken. Zudem eventuell auch einen Starkstromanschluss nach außen legen lassen, vor allem wenn die Garage oder ein Bastelplatz fürs Auto in der Nähe ist. Man weiß ja nie was man mal so am Auto machen möchte. 
Weiterhin würde ich auch eine LAN-Vernetzung im Haus vorsehen, das ist aber Geschmackssache und viele brauchen das nicht. Wenn man es aber später mal haben möchte wird es vor allem über 2 Etagen deutlich schwieriger.
Über die Vorverkabelung der eventuell vorhandenen Außenrolläden könnte man auch nachdenken, um später eventuell eine komplette elektrische Steuerung der Rolläden mit zentraler Steuerung (am besten von zentralen Stellen auf jeden Etage) vorsehen zu können.
Wenn man ungefähr weiß, wie später die Möbel stehen sollen, sind Leerrohre für Lautsprecherkabel auch immer ganz nett. Dann kann man seine 7.1 oder 5.1 Anlage Verkabeln ohne irgendwo im Raum die Kabel herumliegen zu haben (gerade für die Sourroundlautsprecher).
Wenn ein Kamin o.ä. geplant wird, vorher auch über eine eventuelle externe Luftzufuhr nachdenken, vor allem wenn z.B. eine Abluftabzugshaube vorhanden oder eingebaut wird (dann ist eine externe Luftzufuhr meist sogar notwendig). Die externe Luftzufuhr ist meist aus dem Keller am besten, dann muss man aber auch wissen wo der Platz für den Kamin/Kaminofen sein soll. Direkt von außen lieber keine externe Luftzufuhr einrichten.
Bezüglich Kaminöfen/Kamine mit Wassererwärmung habe ich auch schon einiges negatives gehört. Einige, die das gebaut haben würden es jetzt nicht mehr machen. Ich kenne leider nicht mehr alle Gründe aber einer war unter anderem, dass der Wasserkreislauf nicht überhitzen darf, womit das Heizen mit einem solchen Kamin nicht beliebig geschehen darf. Zudem nutzten dann oft diejenigen die ich kenne den Kamin zur Übergangsheizung des gesamten Wasserkreislaufs (ergab sich irgendwie bei allen so) was viel Heizaufwand mit dem Kamin/Kaminofen bedeutete. Weiterhin merkt man wohl, dass die Wasserführung im Kamin/Kaminofen einiges mehr an Hitze ableitet (was einesteils auch gut sein kann). Die Wartung eines solchen Kamins/Kaminofen soll wohl auch höher sein. Es gab noch ein paar andere Gründe an die ich mich nicht mehr erinnere aber vielleicht liest man sich diesbezüglich einfach mal in Foren ein was so der allgemeine Tenor dazu ist. Wenn die meisten es wieder machen würden, dann sollte es ja gar nicht so schlecht sein. Das was ich gehört hatte (2 Parteien) war so, dass sie in Zukunft nur noch wieder einen "normalen" Kamin/Kaminofen einbauen würden.
Grüße,
quattrofever