Schau ich mir an bei meinem, kein Ding, berichte ich dann was dort angezeigt wird. 
Ölwechselintervalle finde ich extrem sinnvoll die soweit zu reduzieren, egal um welche Öle es sich handelt. Auch den Luftfilter wechsel ich viel häufiger oder den Benzinfilter generell immer mal (nicht so wie original vorgesehen gar nicht).
Zündkerzenwechsel zu Halbieren von der Laufleistung finde ich bei einem Auto wie dem A4 mit "größeren Tuning" auch sehr sinnvoll, da dort die Belastung ja deutlich höher ist als ursprünglich angedacht. Das Wechselintervall der Zündkerzen beim 3,2er Sauger ebenfalls zu Halbieren ist sicher nicht verkehrt, dies explizit aufgrund des NWT zu tun halte ich für nicht notwendig, da ich nicht glaube das durchs NWT die Belastung der Zündkerzen deutlich höher ist. Der Hintergrund des Ganzen ist eher, das der Motor mehr seine Grenzen ausnutzt und jedes nicht mehr perfekt passende Teil dann negativen Einfluss auf den Lauf/die Leistung nimmt und somit kommt man dazu die Zündkerzen auch häufiger zu tauschen, was dann aber wie Didi auch sagt für alles gelten sollte (Halbieren aller von Audi vorgegebenen Intervalle). Neue Zündkerzen und alte Luftfilter als Kombination würde ja faktisch auch nichts bringen.
Ich persönlich für mich habe bezüglich Zündkerzen beim 3,2er Sauger nie ein konkretes Problem gesehen, daher hab ich lediglich für mich persönlich entschieden dort das Wechselintervall nicht zwangsläufig zu Halbieren. Irgendetwas zwischen 30k und 60k ist da für mich vollkommen in Ordnung und ich würde da für mich bei dem Auto so um die 45k Kilometer anstreben, das ist aber eine reine persönliche Sicht meiner Erfahrung bei meinen Autos. Zündspulen tausche ich generell nur wenn es Probleme damit gibt. Dazu sei aber gesagt das der 3,2er Sauger im TT für mich kein Auto ist das ich ständig am Limit bewegen möchte, wenig häufig stark ausdrehe und auch sehr schnelle Autobahnfahrten eher zur Seltenheit gehört, daher auch mit diese Überlegung von meiner Seite zu dem Thema Zündkerzen/Zündspulen (nur noch einmal ausführlicher dargestellt, damit auch die anderen wissen warum du ElManu das so angedeutet hattest das ich das ja teilweise anders umsetze/sehe).
Bezüglich dunklem Öl, da würde ich denken das das Öl noch einiges bei dir angelöst hat. Wenn ich es richtig in Erinnerung habe, dann hattest du letztes Jahr ja noch eine Spülung gemacht, oder? Diese hat ja normal auch immer noch eine Langzeitwirkung und davon kann das schon kommen. Das mit dem dunkleren Öl würde ich daher eher als ein positives Zeichen werten.
Den Index der Spulen dachte ich würde man sogar so erkennen können ohne sie rausziehen zu müssen, da bin ich mir aber nicht ganz sicher,..., die hat man aber auch schnell mal raus zum Überprüfen, das würde ich auf jeden Fall machen, denn eine potentiell gefährdete Zündspule ohne Index kann mal schnell einem den Spaß an einer tollen Ausfahrt vermiesen.
Sekundärlufteinblasung:
Sicher kann da Didi mehr zu sagen aber ich würde es wie du als reines Umweltthema sehen, eben die Kats schneller auf Temperatur zu bringen, damit diese früher die Abgase effektiv reinigen können. (neuere Autos haben ja zudem um diesen Effekt noch zu verstärken die Kats sehr motornah verbaut) Ob die Sekundärluftpumpe noch einen weiteren Nutzen hat weiß ich ehrlich gesagt nicht.